Ⅰ型膠原酶和Ⅱ型膠原酶在來源和底物特異性方面存在差異。1. 來源：Ⅰ型膠原酶來源于動物成纖維細胞，而Ⅱ型膠原酶來源于哺乳動物胚胎組織。2. 底物特異性：Ⅰ型膠原酶可以降解所有的Ⅰ型膠原，并且對其他的蛋白質沒有降解作用。然而，Ⅱ型膠原酶可以特異性的降解Ⅱ型膠原，并且只能微弱的降解Ⅰ型膠原。總結來說，Ⅰ型膠原酶和Ⅱ型膠原酶在來源和底物特異性上存在差異，這使得它們在特定應用中具有各自的優點。
