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  • 發布時間:2019-12-03 13:26 原文鏈接: 三次飛躍!半年攻克千個細胞HiC建庫大關!

      降低建庫起始量一直都是安諾Hi-C產品的研發重點之一,2019年以來,安諾三維基因組學研發團隊披荊斬棘、堅持不懈,用半年的時間攻克了千個細胞Hi-C建庫大關,實現了降低Hi-C建庫起始量的三次飛躍,成功將Hi-C建庫起始量由500萬個細胞逐漸降低至1千個細胞,率先實現了微量細胞樣本Hi-C建庫的產業化服務。

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      樣本要求

      樣本類型:細胞(人、鼠或其他物種)

      建庫起始量:1千個交聯細胞樣本/文庫

      測序平臺:Illumina HiSeq X Ten,PE150

      文庫質控

      對10多例人和小鼠的細胞樣本進行了穩定性測試,評估結果顯示,人細胞樣本的文庫Interaction Rate均在85%以上,小鼠細胞樣本的文庫Interaction Rate均在80%以上,部分樣本文庫質控結果如下(小數據測試結果)。

      人細胞樣本Hi-C文庫質控結果:

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      小鼠細胞樣本Hi-C文庫質控結果:

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      cis/trans interaction比例統計

      判斷Hi-C的文庫是否合格的一個重要的指標是cis/trans的比值,cis指的是paired reads在同一條染色體上(intra-chromosomal interactions),trans指的是paired reads在不同染色體上(inter-chromosomal interactions)。一般認為cis interaction比例越高,表明該數據的質量越好。我們的統計結果顯示,測試樣本cis rate均在60%以上,數據質量良好。

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      交互熱圖結果展示

      對測試樣本的小數據結果進行交互熱圖分析,如下圖所示,展示了小鼠樣本(Sample3)genome-wide Hi-C交互熱圖。

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      1千個細胞Hi-C建庫的成功研發,再次拓展了Hi-C技術的應用范圍,使珍稀樣本的染色質構象解析成為可能,特別是生殖和腫瘤等研究領域的微量樣本。安諾Hi-C團隊真誠期待,我們的技術提升能為更多科研工作者在攻克生命科學領域的未解難題時,提供更可靠的技術支持和更發散的研究思路。


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