大規模NGS應用帶來不僅僅是技術上的革新,相對傳統更加復雜和精細操作,注定了這一技術將會更多地依賴自動化設備來完成。作為臨檢機構和近期崛起的眾多第三方檢測公司,在將NGS設備收入囊中之后,必然要考慮開始自動化樣品制備系統的投入。只有將整個樣品準備流程通過可靠的系統來完成,才能真正配得上是高質量的NGS檢測流程。
那么問題來了,什么才是一套稱職的自動化系統?
作為一套符合標準的NGS樣品制備系統,最基本的要求就是能夠提供符合標準的文庫DNA,以濃度和片段大小作為考核的標準。
而決定這一切的是試劑添加的精度。作為文庫構建每步反應不可少的步驟,就是那微乎其微的幾微升試劑所包含的酶或其他成分所帶來的神奇而又精妙的變化。所以決定因素是最最基本的液體轉移精度,尤其是10μL級別以下的精度。
那么問題又來了,翻看任何一款這類移液產品的單冊,大家都會看到每個廠家的產品都提供了讓你精確到小數點后面N多位的精確度/準確度。眼花繚亂怎么破?
不要過分相信精度參數!
借用移液行業老大Eppendorf公司被奉為移液寶典的指導手冊里面的一句話--任何移液精度都是由眾多因素共同決定,而其中作為核心一條的就是各種屬性不同的液體需要區別對待,不能一視同仁!所以,想要在實際處理過程中輕松應對各類液體樣品,沒有幾十年的移液產品生產經驗,一般廠家是不明白個中奧妙的。所以,因為某些系統只能處理最單純的水, 那么所列的參數也就只能看著呵呵。
一個合格的系統,不但能自動完成把試劑轉移到指定的目的地,還要像手工操作一樣靈活處理各類粘性、揮發性樣品,甚至還能做些更加人性化的吹吸混勻操作等,這樣的系統才能堪稱技術層面稱職的自動化系統。
同樣的原因,基于液壓式系統的不穩定表現,在這方面也遠遜于氣壓原理的系統。原因嘛,只要看看實驗臺上面的Eppendorf移液器就能明白了。更不用提某些在工作時"難舍最后一滴"的大型自動移液設備,簡直是反面教材的典型啊。
大通量測序最怕什么?污染!
紛繁復雜但又有條不紊的高通量實驗必須是安全的,任何交叉污染和攜帶污染的風險必須被降到最低。沒有最基本的防污染措施的自動化系統就是一枚定時炸彈!在這方面,可以參考各個廠家提供的各類安全舉措,例如:非接觸加液、設備滅菌處理、是否內置空氣過濾或是帶有紫外功能。當然,為了躲避傳統氣溶膠污染殺手,帶有濾芯的耗材也是自動化系統的首選。
防止意外情況發生的貼心安全設計是考驗一個廠家良心的時刻,因為這些設計為用戶帶來的防護是無法用簡單的參數能表達的。
任何自動化產品用戶的噩夢都會包含以下場景: 樣品在試驗過程中被凌空拋下;工作至一半時試劑不足;磁珠被槍頭吸出;設備機械臂行走過程中"撞墻 "等等。
要實現真正讓用戶無憂的全自動NGS樣品制備,一臺自動化工作站需要具備德國汽車工業級別的周全安全設計。比如自帶安全檢測功能,還有堅固穩定的硬件設計。只有那些真正設計齊全的產品,就算讓你花寶馬奔馳的價格,那也是為實驗室配備了名副其實的寶馬奔馳級的產品。
再者,細節見真章。好的產品在細節上就可以看出廠家在設計之處煞費苦心。比如epMotion上的小小紅外傳感器,就像操作人員的眼睛一樣,能識別試劑的多寡,樣品的位置,甚至逆天到能探測出一根槍頭里面帶有濾芯或是槍頭盒里面還剩幾根槍頭。優秀的產品僅僅從這樣這個小小功能就足以讓那些需要人員手工插槍頭的自動化設備汗顏的。
希望以上幾點對選擇一款真正稱職的NGS自動化系統有所幫助。
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