（1） 囑患者穿上開洞的檢查褲后取左側臥位，雙腿屈曲。
（2） 術者先作直腸指檢，了解有無腫瘤、狹窄、痔瘡、肛裂等。助手將腸鏡先端涂上潤滑劑(一般用硅油，不可用液體石蠟)后，再囑患者張口呼吸，放松肛門括約肌，以右手食指按壓物鏡頭，使鏡頭滑入肛門，此后按術者指令緩級進鏡。
（3） 遵照循腔進鏡配合滑進，少量注氣、適當鉤拉、去彎取直、防袢、解袢等插鏡原則逐段緩慢插入腸鏡。特別注意抽吸縮短與取直乙狀結腸及橫結腸，在脾曲、肝曲處適當鉤拉、旋鏡，并配合患者呼吸及體位進鏡，以減小轉彎處的角度，縮短檢查的距離。