VHL基因的突變會導致林島綜合征（Von Hippel—Lindau Syndrome，VHL），即VHL綜合征，也VHL基因名字的來源。VHL綜合征是常染色體顯性遺傳性腫瘤疾病，一般包括腎囊腫、腎細胞癌、胰腺囊腫、胰腺癌、嗜鉻細胞瘤、視網膜血管瘤、上皮性囊腺瘤和大腦脊髓的血管瘤病。發病機制為VHL基因突變可使其編碼的蛋白失活，導致其不能泛素化降解低氧誘導因子（HIF）從而使其含量增加，進而導致其下游血管內皮生長因子VEGF等基因異常高表達，促進腫瘤血管生成。
