1、抗HCV
即丙肝抗體，目前診斷丙型病毒性肝炎的主要指標。但因感染HCV后抗HCV出現較慢，一般在發病后2～6個月，甚至1年才轉陽，故不能作為早期診斷的方法。而且1次陰性，也不能直接否定診斷。當各型病毒性肝炎特異性標志檢測陰性，臨床癥狀及單項ALT升高，提示急性病毒性肝炎時，應考慮是否為丙型病毒性肝炎。
2、HCV-RNA
即丙型肝炎病毒的核糖核酸，是HCV的遺傳物質，是表示體內感染HCV的直接指標。目前用PCR方法可以直接檢測血中的HCV-RNA，可用于HCV感染的早期診斷。因其較丙型肝炎抗體出現早，故是丙型肝炎病原學診斷和判斷傳染性的一項有用的指標。
總之，對有典型臨床表現且其發病與輸血及血制品密切相關，已排除其他肝炎的可疑丙型病毒性肝炎患者，可進一步查HCV-RNA及抗HCV，如HCV-RNA及抗HCV均陽性或HCV-RNA單獨陽性即可確診為丙型病毒性肝炎。