HCV具有顯著異源性和高度可變性，對已知全部基因組序列的HCV株進行分析比較其核苷酸和氨基酸序列存在較大差異。并表現HCV基因組各部位的變異程度不相一致，如5′-CR最保守，同源性在92-100%，而3′NCR區變異程度較高，在HCV的編碼基因中，C區最保守、非結構（NS）區次之，編碼囊膜蛋白E2/NS1可變性最高稱為高可變區。
