微生物代謝過程中,利用葡萄糖積累丙酮酸的過程稱為微生物發酵法。微生物發酵法生產丙酮酸研究已有50年歷史，但因丙酮酸高產菌株選育十分困難，雖有一些微生物能夠積累丙酮酸，但其產量無法達到工業化要求。該法生產丙酮酸真正取得突破，是在1988年時,日本東麗工業株式會社的研究人員宮田令子和米原轍選育出一系列丙酮酸產量超過50g/L的球擬酵母菌株,使微生物發酵法生產丙酮酸的工業化成為可能。1992年,日本開始采用微生物發酵法生產丙酮酸。產量為400噸每年,成本約為2-3萬元每噸。
與化學合成法和酶轉化法相比,微生物發酵法因原料來源廣,能耗低,污染少,成本低而更具有優越性。但微生物發酵法缺點是轉化率比較低,這是因為丙酮酸是糖酵解途徑的關鍵中間產物,在細胞中,丙酮酸作為一種重要的中間代謝產物連接了EMP和TCA中心代謝途徑，又與多條分支代謝途徑相關聯，可轉化為多種發酵產物而無法在體內積累。因此需要切斷或弱化其進一步代謝,才能使其在細胞中大量積累。即加快葡萄糖向丙酮酸的轉化率，減弱向TCA循環的通量，切斷或減弱其分支代謝途徑，促進分泌，減弱丙酮酸的再利用，最終實現丙酮酸的大量積累。為達此目的，就必須對微生物發酵法生產丙酮酸的影響因素進行研究。
微生物發酵法生產丙酮酸的影響因素有：菌種選育，營養條件，維生素水平，供氧模式，葡萄糖的質量濃度等等,其最關鍵的是菌種選育和營養條件。