臨床微生物學檢驗的核心是檢驗質量和安全。前者總體上講是指對服務對象(患者和醫師)全面負責的總體行為，包括建立滿足服務對象要求、全面系統的檢驗項目，提供準確無誤的實驗數據或結果，保證實驗結果正確并及時傳送。后者包括人員安全，實驗對象和環境安全。生物安全防護的內容包括安全設備、個體防護裝置和措施，實驗室的特殊設計和建設要求，嚴格的管理制度和標準化的操作程序及規程。現就醫院微生物室存在的問題和處理原則進行探討。
1 微生物學檢驗常見的問題
1.1 醫院管理的問題
1.1.1 醫院對微生物室的投入不夠 微生物學檢驗較臨床生化檢驗、免疫學檢驗成本高、技術性強、人員素質要求高，醫院對微生物室的軟件、硬件投人不夠，特別是近年心血管、腫瘤等疾病發病率上升，醫院管理者及醫務人員對傳染病的危險性及病原學檢驗的重要性有所忽視。臨床科室開展微生物檢驗項目，專挑一些效益好、操作簡單項目甚至采用給臨床醫師提供“開單費”吸納標本，為獲取局部利益，降低成本、取消室內質控、不參加室間質評。
1.1.2 臨床醫師對臨床微生物學新進展了解甚少 臨床醫師不能借助微生物學知識對疾病進行診斷、治療。由于醫師接收大量抗菌藥物信息，用藥前采集標本的原則遵循率低。有些醫師將切口感染誤診為“脂肪液化”。
1.1.3 職稱評定受限 臨床微生物學工作人員現大多數按技師資格評審職稱，人為地割斷了與臨床密不可分的聯系;某些院校技師職稱無研究生導師資格等，導致有一定臨床經驗同時具有豐富臨床微生物學經驗的人才缺乏，進而導致對新疾病病原缺乏預見性和警惕性，對生物恐怖缺乏足夠的應對能力。
1.1.4 危險崗位工作津貼發放不合理 津貼發放，微生物室與檢驗科一樣，低于感染病科和皮膚科的現象普遍存在。
1.1.5 收費方式不合理 目前各醫院微生物學檢驗收費方式采用按項目收費，由于標本分離的病原菌不可預知，常有多收的費不能退、少收的費補不回的情況。、
1.1.6 標本采集、運送過程中的問題 標本采集不合要求，采集方法和時間、使用容器不當，運送不及時，標本標示不清。
1.2 微生物室本身的問題
1.2.1 缺乏安全設施和安全意識 強傳染性標本無單獨處理實驗室或無生物安全柜，無淋浴和洗眼裝置，無隔離衣、膠鞋等必備物品;洗手用的感應水龍頭或腳踏水龍頭未普及;現有的工作服防護性不夠;紫外線燈高度和強度不夠;微生物室沒有危險級別的標示，無關人員隨意進出微生物室;微生物室丟棄的廢棄物、培養物未經高壓滅菌處理。大多數臨床微生物室有待進一步規范。
1.2.2 室內質控不完善 缺乏完整的質控流程、操作手冊、質控記錄、差錯登記等。
1.2.3 檢驗技師能力不足 不能將細菌鑒定到種，藥敏試驗沒有標準化，不儲備輔助鑒定的試劑，對試驗結果不進行評論或建議，真菌、厭氧菌等開展困難。不參加室間質評或實驗室不能獨立完成室間質評菌株的鑒定和藥敏試驗，質評菌株不進人常規工作流程;參考實驗室發放同樣的室間質評菌株，參評實驗室之間互通信息、核對結果。不保存陽性涂片、菌種。微生物學相關的參考圖書、期刊特別是外文期刊嚴重不足。
1.2.4 標本處理不當 對檢查項目不清楚、容器不合格、留取方法不當、送檢不及時的標本不拒收。對拒收的標本和重留的標本無記錄，標本接收時間無記錄。標本集中處理。
1.2.5 微生物檢驗申請單設計不合理 檢驗單缺乏必要的臨床信息，如臨床診斷、體溫、是否用抗菌藥物等。
1.2.6 檢驗項目不能滿足臨床需要 厭氧培養、真菌培養及藥敏試驗、分枝桿菌培養、病毒和螺旋體檢測等未普遍開展。檢測項目的層次不分，有人以為只要有細菌鑒定儀，手工檢測就可被取代，忽視了菌種的變異和新菌種的發現。不具備快速鑒定、藥敏試驗的設備和手段。
1.2.7 檢驗報告單的管理問題 檢驗報告單缺乏審核者簽字，不經充分消毒或根本不消毒便進人其流程。檢驗單發放、簽收缺乏監督機制，報告單丟失后補單缺乏應有手續。檢驗報告單快速性、利用性不受重視。
2 處理原則
2.1 建立有安全保障的微生物室 各級領導重視、微生物學檢驗專家積極參與相關政策制定，樹立安全與質量同等重要的思想，健全各種安全制度，配備必要的安全設施特別是生物安全柜、高壓滅菌、應急淋浴、洗眼裝置等。微生物室嚴格三區劃分，培養甲類微生物應有獨立的工作室，凡是可能形成氣溶膠的操作均在二級生物安全柜進行。檢驗人員加強自我防護意識，嚴格遵守微生物室的安全管理制度。培養一支高素質的人才隊伍，承擔臨床檢驗、教學、科研任務。
2.2 實行全面的微生物檢驗質量控制 重視對質量保證體系的完善和監督，及時發布微生物檢驗信息，指導標本的采集，制定拒收不合格標本的書面標準，并記錄原因。合理補費，如標本分離到收費標準單獨列出的菌種(MRSA,ESBL菌株);合理退費，對已收費但未進人預計的實驗流程的標本應退費，如未分離出病原菌已收藥敏費者。從儀器、培養基、試劑、染液到人員操作，嚴格進行室內質控，每 日應有參考菌株進人操作流程。參加2-3個不同層次的參考實驗室的質量評定。
2.3 加強與臨床各科的聯系 促進與相關學科的學術交流。吸收國、內外先進技術，積極推動臨床微生物學的發展。