為何生化儀一定要配備超純水系統，其中有以下原因離子含量高的影響：
水中雜質成份
①最直接的影響就是對血清（漿）中同種離子測定結果的升高，如對Mg2+，Ca2+，Fe3+，Cu2+，Zn2+等的測定，同時也對這些項目的標定產生影響；
②由于很多金屬離子都是酶的輔酶因子，因此當金屬離子含量高時往往影響酶活性的檢測（如Mg2+是多種磷酸化激酶的激活劑，水中含量超標時會導致這些酶活性測定值的升高；而許多重金屬離子則對酶有抑制作用，導致酶活性下降）；
③很多陰離子也作為酶的輔因子存在，對酶活性測定產生影響（如CI-對α-淀粉酶就有激活作用）；
④離子含量高的水更容易形成結晶和導致蛋白等有機物變性附著于管道系統，從而使得生化分析儀管道系統更易堵塞，最終造成測定失真或失敗；同時，在使用其對反應杯進行清洗時也很難清洗干凈，會加速反應杯的老化和損壞，使杯空白升高。
2.有機物質的影響：有機物質的影響主要在于對類似物質測定時導致類似物質測定結果的升高。同時，有機物含量升高也會加速管道系統和反應杯的清洗困難及老化。
3顆粒物的影響：顆粒物一般很難通過純水系統進入生化分析儀管道和反應系統，其來源一般都是儲水箱發生二次污染，但是一旦進入除了會導致吸光度升高外，還很容易堵塞管道和損壞反應杯。
4 微生物的影響：微生物的去除主要依賴原水的預處理，有些純水系統還在超純水處加裝紫外殺菌或者微濾、超濾等裝置，進一步除去水中殘余的細菌、微粒、熱源 等。但一旦預處理失敗或純水儲存箱被二次污染，微生物及其產物就能進入生化分析儀管道系統和反應系統，可能出現的情況有兩種：①微生物在管道及反應系統孳 生，導致管道堵塞，同時令吸光度和杯空白升高；②微生物產生特定的酶對生化分析儀酶測定產生影響，具體產生什么影響取決于污染菌的類型。
5溶解氣體：溶解氣體增多產生的影響有：
溶解氣體的影響
①對同種氣體的測定的影響；
②對水的pH值也產生影響，如C02，Cl2，H2S等溶解增多導致水pH值的下降，也對pH值依賴性較強的生化項目測定產生影響；
③某些氣體如C12增多，因其自身氧化性較強，會對與氧化還原反應相關的生化測定項目產生影響，如對基于340 nm處NADH和NADPH有吸收峰而建立的ALT，AST，BUN等的測定方法，會導致測定值的升高。
6其它雜質的影響：有些超純水系統也將最終生成的超純水或一級純水儲存于水箱中，當水箱有生銹情況時導致鐵測定不正常，通常會出現在壓力水箱中；還有當機械裝置密封不嚴造成的漏油時導致TG測定結果升高。這些情況雖然少見，但也最容易被忽視。
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