乙肝小三陽轉氨酶高的原因之一：可能感染了一種前C區變異的乙肝病毒。
這種前C區變異的乙肝病毒感染在歐洲地中海地區和亞洲地區多見，其流行率占慢性乙型肝炎的40%～80%。這樣的乙肝小三陽患者盡管血清HBeAg陰性，體內仍存在長期的低水平乙肝病毒DNA的復制，乙肝小三陽病情仍可不斷進展。乙肝小三陽患者常伴有持續性或間歇性血清轉氨酶升高，導致進行性肝病，且干擾素治療乙肝小三陽的療效往往不佳。乙肝小三陽患者可以通過檢測血清HBVDNA來確診。如果HBVDNA陽性，就很可能是這種前C區變異的乙型肝炎感染。
乙肝小三陽轉氨酶高的原因之二：乙肝病毒感染后的自身免疫性肝炎。
這是由于感染乙型肝炎病毒后，病毒改變了肝細胞膜的一些成分，使人體的免疫系統對自身的肝細胞發動了攻擊，造成了肝損傷。這種情況多見于乙肝小三陽女性患者。乙肝小三陽患者可通過檢測自身抗體來確診。如果自身抗體中的某項指標為陽性，就有可能是這種乙肝病毒感染后的自身免疫性肝炎。
乙肝小三陽轉氨酶高的原因之三：可能重疊感染了其它肝炎病毒。
乙肝小三陽患者還容易重疊丁型肝炎感染。如果排除了以上兩種因素，乙肝小三陽患者也可以檢測一下丙型肝炎病毒和丁型肝炎病毒的指標。