產品在進行冷凍干燥時，需要裝入適宜的容器，然后進行預先凍結，才能進行升華干燥。預凍過程不僅昰為了保護物質的主要性能不變；而且要獲得凍結后產品有合理的結構以利于水分的升華；還要有恰當的裝量，以便日后的應用。
產品的分裝通常有散裝和瓶裝二種方式。散裝可以采用金屬盤，飯盒或玻璃器皿；瓶裝采用玻璃瓶和安瓿。玻璃瓶又有血漿瓶。疫苗瓶和青霉素小瓶等，安瓿也有平底安瓿、長安瓿和圓安瓿等；這些需根據產品的日后使用情況來決定，瓶子還需配上合適的膠塞。
各種容器在分裝之前要求清洗干凈并進行滅菌處理。
需要凍干的產品需配制成一定濃度的液體，為了能保證干燥后有一定的形狀，物質含量在10~15%之間最佳。
產品分裝到容器有一定的表面積與厚度之比。表面積要大一些，厚度要小些。表面積大有利于升華，產品厚度大不利于升華。一般分裝厚度不大于10mm。有些產品需用大瓶。并凍干較大量的產品時，可以采用旋凍的方法凍成殼狀，或傾斜容器凍成斜面，以增大表面積，減小厚度。