親和色譜的用途很廣泛,可以用來從細胞提取物中分離純化核酸、蛋白,還可以從血漿中分離抗體。分離重組蛋白就經常使用親和色譜。
通過基因修飾為蛋白加上一些人為的特性,這些特性使蛋白選擇性地與配體結合,從而達到分離的目的。親和色譜的另一大用途是從血漿中分離抗體。