目前，在種子公司和研究部門的實驗室中，種子發芽箱是進行種子發芽試驗的首選儀器，它能夠人為設定種子發芽時索所需要的合適的溫度、濕度、光照度等，避免外界環境對種子發芽的影響，提高試驗效率。
人們往往認為種子發芽箱可以任意設定各個試驗段的運行時間、溫度、濕度、光照值等。但其實這是存在一定的認知誤差的。比如種子發芽箱雖然可以調節設定這也參數，但是從箱內各層的溫度來看，還是存在誤差的，不同層次，不同區域的地位的溫差還是存在的。即便是同一層的里面以及外面的溫度也有差異，容積較大的培養箱上面的下面的里面的外面的溫差就更加大，而這些是比較難以避免的，但是一般來說，箱體內部的這些溫差不會有較大的差距，因此，一般不會影響試驗的順利進行。
當然為了更好的完成種子發芽試驗，去了解一下這種設定的溫度與實際溫度的溫差變化還是很有必要的，使用溫度計測量后發現，種子發芽箱的最上面一層的溫度并不是最高的，而箱體的中部溫度最高；一般來說，種子發芽箱箱體內的實際溫度和設定的溫度也是存在差距的，這是因為，種子發芽箱內的種子在進行呼吸和光合作用，導致箱體內的溫度要高于箱體外設置的溫度。因此，在使用種子發芽箱的時候，一定要根據發芽用種子的數目來進行溫度等的設置，而并不是越大越好。