氫鍵屬不屬于分子間作用力，取決于對“分子間作用力”的定義。按照廣義范德華力定義[引力常數項可將各種極化能（偶極(dipole)、誘導(induced)和氫鍵能）歸并為一項來計算]，氫鍵屬于分子間作用力。按照傳統定義：分子間作用力定義為：“分子的永久偶極(permanent dipole)和瞬間偶極(instantaneous dipole)引起的弱靜電相互作用”那么氫鍵不屬于（因為氫鍵至少包含四種相互作用，只有三種與分子間作用力有交集，但還存在最高被占用軌道與另一分子最低空余軌道發生軌道重疊）。
氫鍵既可以存在于分子內也可以存在于分子間。其次，氫鍵與分子間作用力的量子力學計算方法也是不一樣的。另外，氫鍵具有較高的選擇性，不嚴格的飽和性和方向性；而分子間作用力不具有。在“折疊體化學”中，多氫鍵具有協同作用，誘導線性分子螺旋，而分子間作用力不具有協同效應。超強氫鍵具有類似共價鍵(covalent bond)本質，在學術上有爭議，必須和分子間作用力加以區分。
若錯誤的將分子間作用力、氫鍵、鹵鍵看成等同作用，那么分子識別、DNA結構模擬、蛋白質結構堆積，就根本不可能研究了。所以在學術上，這些電磁互作用都統稱為次級鍵。