生物相鏡檢一般只能作為對水質總體狀況的估計，是一種定性的檢測，不能作為廢水處理廠出水水質的控制指標。為了監測微型動物演替變化狀況，還需要定時進行記數。
活性污泥和生物膜是生物法處理廢水的主體，污泥中微生物的生長、繁殖、代謝活動以及微生物種類之間的演替情況可以直接反應處理狀況。和有機物濃度及有毒物質的測定相比，生物相鏡檢要簡便得多，隨時可以了解活性污泥中原生動物種類變化和數量消長情況，由此可以初步判斷污水的凈化程度，或進水水質和運行條件是否正常。因此，除了利用物理、化學的手段來測定活性污泥的性質，還可以借助于顯微鏡觀察微生物的個體形態、生長運動以及相對數量狀況來判斷廢水處理的運行情況，以便及早發現異常情況，及時采取適當的對策，保證處理裝置運行穩定，提高處理效果。