糞球桿菌即糞腸球菌，為革蘭氏陽性，過氧化氫陰性球菌。其原屬于鏈球菌屬，因其與其他鏈球菌同源程度低甚至不到9%，故將糞腸球菌與屎腸球菌從鏈球菌屬中分離出來，將其歸為腸球菌屬。糞腸球菌是一種兼性厭氧型革蘭氏陽性乳酸菌。
菌體形態為球狀或鏈狀，直徑大小，無莢膜，無芽孢，對環境適應力和抵抗力強，可耐受四環素、卡那霉素、慶大霉素等多種抗生素，生長條件要求不嚴格 。它可利用精氨酸為能源，發酵山梨醇，不發酵阿拉伯糖。在簡單的培養基上生長不需葉酸。
