潛伏期2~20日（通常7~13日），本病的特征為兩階段性。第一階段為敗血癥期，起病突然，有頭痛，嚴重肌痛，寒戰和發熱。結膜充血是其特征，通常在第3或第4天出現。肝腫大和脾腫大不常見。本階段可持續4~9日，可有反復的寒戰和發熱，體溫常高達>39℃。隨后退熱，在病程的第6至第12日開始第二階段，也稱免疫階段，此階段血清中出現抗體。發熱和早期的癥狀又重現，并可出現腦膜炎體征。第7天后檢查腦脊液，至少發現50%的病人有淋巴細胞增多。少數可發生虹膜睫狀體炎，視神經炎和周圍神經病。若在懷孕期獲本病，即使在恢復期，也可引起流產。
Weil綜合征（黃疸性鉤端螺旋體病）是一種鉤端螺旋體病的嚴重型，表現為黃疸并通常伴有氮質血癥，出血，貧血，神志不清和持續發熱。開始的癥狀與非嚴重型相似，從第3至第6日出現肝細胞和腎功能障礙。腎功能異常包括蛋白尿，膿尿，血尿和氮質血癥。出血癥狀系由毛細血管受損所致。血小板減少也可發生。肝臟受損輕微，可以完全恢復。
任何血清型鉤端螺旋體感染均有可能發生無菌性腦膜炎。腦脊液細胞計數為10~1000/μl（通常<500/μl），以單核細胞為主。腦脊液的葡萄糖正常，蛋白<100mg/dl。大多數無菌性腦膜炎病人無明顯的肝腎疾病表現。
卡尼可拉熱（Canicolafever）是眾多鉤端螺旋體地理株中的一種，但在臨床上和流行病學上與其他鉤端螺旋體無區別。