因為它可以皮下給藥并且不需要APTT監測，低分子肝素允許門診治療諸如深靜脈血栓形成或肺栓塞等以前要求住院接受普通肝素給藥的疾病。
因為低分子肝素具有更可預測的藥代動力學和抗凝作用，對于大面積肺栓塞和深靜脈血栓形成的初始治療，建議使用LMWH而非普通肝素。與安慰劑或不干預相比，使用LMWH和類似抗凝劑對住院內科患者進行預防性治療可降低靜脈血栓栓塞的風險，尤其是肺栓塞。
最近，這些藥物已被評估為經皮介入(PCI)管理的急性冠狀動脈綜合征(ACS)中的抗凝劑。
在體重極重的患者或腎功能不全的住院患者中，需要密切監測低分子肝素的使用情況。抗因子Xa活性可用于監測抗凝。鑒于其腎清除率，LMWH可能不適用于終末期腎病患者。LMWH還可用于維持透析患者的插管和分流管的通暢。
癌癥患者發生靜脈血栓栓塞的風險較高，低分子肝素可用于降低這種風險。2003年發表的CLOT研究表明，在惡性腫瘤和急性靜脈血栓栓塞患者中，達肝素在降低復發性栓塞事件風險方面比華法林更有效。許多指南都建議在癌癥患者至少前3到6個月的長期治療中使用低分子肝素，現在被視為一種護理標準。