1、心臟畸形矯治不滿意是產生術后低心排出量的重要原因；
2、血容量不足，或者說有效循環血量不足；
3、心內操作期間，需阻斷心臟循環，缺血、缺氧可對心肌造成損害，致使心肌收縮不全；
4、術后如有換氧不足，缺氧或酸血癥均可加重心肌收縮不全；
5、心動過速或心動過緩影響房室舒張不全，心律失常如缺氧性或手術創傷所引起的三度傳導阻滯，也常是術后低排出的原因；
6、心臟受壓影響心室的充盈，如心包壓塞或心包縫合后緊束等也是術后低排出的原因之一；
7、冠狀動脈供血不足和冠狀動脈氣栓所致心肌梗死則是偶見的病因；
8、術前心功能較差的患兒全身狀況差，心、肺、肝、腎功能均有不同程度的障礙，容易發生低心排出量綜合征；
9、心臟左向右分流量大的病人容易引起肺動脈高壓，嚴重肺動脈高壓的病人肺小動脈壁硬化及管壁增厚和管腔狹窄，常伴有肺泡與毛細血管間組織增厚、間質水腫，使肺血管阻力增高，右心室肥厚擴大，術前心肌氧的供需平衡已處于代償狀態，術中處理不當亦可成為低心排出量綜合征的促發因素。建議先天性心臟病盡早檢查及治療。
10、其他病因。