基本組成
存在形式低聚糖是指含有2-10個糖苷鍵聚合而成的化合物，糖苷鍵是一個單糖的苷羥基和另一單糖的某一羥基脫水縮合形成的。它們常常與蛋白質或脂類共價結合，以糖蛋白或糖脂的形式存在。低聚糖通常通過糖苷鍵將2-4個單糖連接而成小聚體，它包括功能性低聚糖和普通低聚糖，這類寡糖的共同特點是：難以被胃腸消化吸收，甜度低，熱量低，基本不增加血糖和血脂。
最常見的低聚糖是二糖，亦稱雙糖，是兩個單糖通過糖苷鍵結合而成的，連接它們的共價鍵類型主要兩大類：N-糖甘鍵型和O-糖苷鍵型。
1. N-糖苷鍵型：寡糖鏈與多肽上的Asn的氨基相連。這類寡糖鏈有三種主要類型：高甘露糖型、雜合型和復雜型。
2. O-糖苷鍵型，寡糖鏈與多肽鏈上的Ser或Thr的羥基相連，或與膜脂的羥基相連。在大蒜、洋蔥、牛蒡、蘆筍、豆類、蜂蜜等食物中都有低聚糖的存在。
低聚糖可以從天然食物萃取出來，也可以利用生化科技及酶反應，利用淀粉及雙糖（如蔗糖等）合成。
低聚糖并不能被人體的胃酸破壞，也無法被消化酶分解。但它可以被腸中的細菌發酵利用，轉換成短鏈脂肪酸以及乳酸。隨著結腸內發酵方式與吸收狀態的不同，這些無法直接吸收，卻能發酵的碳水化合物，每克約可產生0-2.5卡路里的熱量。但是寡糖的生理活性，更受到重視。