體細胞核轉移（SCNT）是得到多能性干細胞的另一種途徑。在SCNT的動物研究中，研究者將一個正常的動物卵細胞去除細胞核（含染色體的細胞結構）。存留在卵細胞內的物質含營養成分和對胚胎發育非常重要的能量物質。
而后，在非常精細調控的實驗室條件下，將單個體細胞——除卵細胞或精子細胞之外的任一種細胞——與除去核卵細胞放在一起，使兩者相融合。融合細胞以及其子細胞具有發育成一個完整個體的潛能，因此是全能性的。
這些全能性細胞不久將形成胚囊，從理論上來說，可利用胚囊的內細胞群來建立多能性干細胞系。實際上，任何一種可生成人類胚囊細胞的方法都有可能成為人體多能性干細胞的來源。