巢式聚合酶鏈反應(nested
polymearse chain reaction,
nPCR)也稱套式PCR。在這種技術中，首先用一對外引物進行第1輪PCR，然后再使用第1對引物擴增的DNA序列內部的一對引物再次擴增，所以稱為巢式PCR。由于使用了兩對引物并且進行了兩輪擴增反應，因此試驗的敏感性和特異性均增強。在一定情況下，這種方法對減少PCR后擴增產物的污染問題極為有用，但它增加了每次試驗的復雜性。為了經濟節約，可在第2輪擴增時采用半巢式，設計單條引物，另一條引物與第1輪擴增共用，效果也優于單次擴增。