1.根：佛手瓜最初為弦線狀須根，隨植株生長，須根逐漸加粗伸長，形成半木質化的側根，上生不規則的副側根。側根長而粗，在一般條件下，一年生的側根長達2m以上。根系分布范圍廣，吸收肥水能力強，耐旱。多年生的佛手瓜，進入第2年以后，在不十分炎熱的地區可形成肥大的塊根。
2.莖：莖蔓性，攀援性強。主蔓可長達10m以上。分枝能力強，幾乎每節上都有分枝，分枝上又有2次、3次分枝。節上著生葉片和卷須。
3.葉：葉互生，葉片與卷須對生。葉片呈掌狀五角形，中央一角特別長。綠色至深綠色，全緣。葉面較粗糙，葉背的葉脈上有茸毛。
4.花、果實、種子：佛手瓜雌雄同株異花，雄花多生于子蔓上，開花早；雌花多生于孫蔓上，開花遲于雄花。雄花10~30朵在總花梗的上部成總狀花序，每雄花有雄蕊5枚、花絲聯合。雌花單生，枝頭頭狀，花柱聯合，子房下位1室、僅具1枚下垂胚珠。彎片、花冠均為5片。異花傳粉，蟲媒花。
果實梨形，有明顯的5條縱溝，瓜頂有一條縫合線。果色由綠色至乳白色，單瓜重250g~500g。果肉乳白色，一個果實內只具一枚種子，果肉與種皮緊密貼合，不易分離；種子扁平，紡錘形。種皮系肉質膜狀，不具備控制種子內失水的功能。當種子剝離果實后，極易失水干癟而喪失生活力。故種子不能曬干貯存，一般均以整個種瓜為繁殖材料。種子無休眠期，成熟后如不及時采收，種子在瓜中就會很快萌發。這一現象稱“胎萌”，是佛手瓜的一大特點。[4]