1．卡那霉素注射制劑在療程中可能發生聽力減退、耳鳴或耳部飽滿感，此為影響耳蝸神經所致。少數患者，尤其原來有腎功能減退者可在停藥后發生，須引起注意。影響前庭神經功能時可出現眩暈、步履不穩，但并不多見。
2．可出現血尿、排尿次數減少或尿量減少、食欲減退、惡心、嘔吐、極度口渴等腎毒性反應。
3．偶可出現呼吸困難、嗜睡或軟弱等神經肌肉阻滯現象。
4．卡那霉素注射制劑的其他不良反應有頭痛、皮疹、藥物熱、口周麻木、白細胞減低、嗜酸性粒細胞增多、肌注局部疼痛等。
