發芽箱是現代開展種子發芽試驗中所需要應用的重要的儀器設備，它是一種保溫效果良好的箱體，發芽箱可以根據不同種子的發芽要求來提供所需的溫度、濕度或水分、光照等條件，并根據發芽技術要求來升溫、降溫或變溫，具備調節和控制溫度、光照條件等功能。采用發芽箱來開展種子發芽試驗，可以提高試驗效率，縮短試驗的周期，減輕實驗人員的工作壓力。
使用發芽箱開展種子發芽試驗的方法主要可以分為試樣制備、擺放種子、標記送入發芽箱和檢查等幾大步，而詳細的方法為，首先是試樣制備，從檢驗過凈度的好種子中，隨機數取4組試樣，以100粒為一組；其次是擺放種子，將種子按組分別擺放在發芽床上，種子間距離按粒長的1-2倍擺放，擺完后，加蓋，但不要妨礙空氣流通；第三步是標記送入發芽箱，在發芽皿上貼標簽，注明試樣號數、品種名稱、試驗開始日期，或只注明發芽床編號，另立發芽試驗記錄。最后把發芽床送入發芽箱內，按技術規定的溫度和天數進行發芽試驗，并進行檢查。
在使用發芽箱開展種子發芽試驗之后，除了要保持種子發芽保持發芽所需的水分和溫度外，每天檢查一次發芽情況，試驗完成之后，按規定的發芽勢和發芽率的截止日期，將這些完成發芽試驗的種子幼苗從發芽箱中取出，及時檢查正常與不正常的發芽種子，作好記錄，并根據統計結果來計算該批種子的發芽率和發芽勢，進而判斷該批種子的發芽能力情況。