服藥后常見的不良反應為胃腸道反應和肌肉痙攣，亦有少數病例可發生精神神經系癥狀。主要為食欲減退；惡心,嘔吐,腹脹,腹瀉,發生率均超過50%。
動物實驗發現家兔口服吠喃丙胺中毒死亡后，胃腸粘膜呈現充血，嚴重者可使胃粘膜出血或脫落,離體支氣管及腸段實驗,證實該藥可使平滑肌收縮幅度增強；故對有潰疹病出血史的血吸蟲病患者宜慎用。
