在埃索美拉唑的臨床試驗中已確定或懷疑有下列不良反應，這些反應均沒有劑量相關性。
在消旋體（奧美拉唑）的使用中曾觀察到下列不良反應，因而在埃索美拉唑的使用中也可能發生。
中樞和外周神經系統 ：感覺異常，嗜睡，失眠，眩暈。可逆性精神錯亂，激動，易攻擊，抑郁和幻覺，主要存在于嚴重疾病患者。
內分泌 ：男子女性型乳房。
胃腸道 ：口腔炎和胃腸道念珠菌病。
血液學 ：白細胞減少癥，血小板減少癥，粒細胞缺乏癥，全血細胞減少癥。
肝臟 ：腦病（先前有嚴重肝病者）；黃疸或非黃疸性肝炎 ；肝衰竭。
肌肉骨骼 ：關節痛，肌無力和肌痛。
皮膚 ：皮疹，光過敏，多形性紅斑，史蒂文斯-約翰遜綜合征，中毒性上皮壞死，脫發。
其他 ：不適。過敏反應，如 ：發熱，支氣管痙攣，間質性腎炎。多汗，外周水腫，視力模糊，味覺障礙和低鈉血癥。