頭孢克肟的不良反應多數短暫而輕微。
1、過敏反應：常見皮疹、蕁麻疹、紅斑，少見瘙癢、發熱、水腫、呼吸困難、全身潮紅、血管神經性水腫及過敏性休克。
2、胃腸道反應：常見腹瀉、胃部不適，少見胸部燒灼感、食欲缺乏、惡心、嘔吐、腹痛、腹脹、便秘及菌群失調所致口腔炎、口腔念珠菌癥、假膜性腸炎等。
3、呼吸系統：少見伴有發熱、咳嗽、呼吸困難、胸部X線異常、嗜酸粒細胞增多的間質性肺炎和肺嗜酸粒細胞浸潤癥（PIE綜合征）。
4、血液系統：常見嗜酸粒細胞增多，少見粒細胞減少、溶血性貧血、血小板減少。
5、肝臟：常見丙氨酸氨基轉移酶、天門冬氨酸氨基轉移酶及堿性磷酸酶升高，少見黃疸。
6、腎臟：少見尿素氮和急性腎功能不全。
7、其他：少見頭痛、頭暈、Stevens-Johnson綜合征、中毒性表皮壞死松解癥（Lyell綜合征）和維生素K、B缺乏。