土壤污染主要是由工業廢棄物和農用化學物質所引起的。如工業廢渣的不恰當填埋、污水灌溉、化肥與農藥使用不當等均能引起土壤污染;受到污染河流的河床底泥污染，也屬于土壤污染之列。
土壤污染監測的主要項目是影響土壤生態平衡的重金屬元素，如汞、鋁、鎘、鉻、銅、鋅和有毒有害的非金屬元素如砷、氟以及難分解的有機農藥、多環芳烴等。
土壤環境中出現重金屬污染時，對植物具有強烈的毒性，當植物體內的重金屬積累到一定濃度后，就會出現種種急性傷害癥狀。特別是兩種或兩種以上重金屬同時超過其臨界含量時，它們對作物的共同效應大大加強。
經測定，Cu,Pb,Cd,As 復合污染對麥苗、水稻、大豆等作物吸收和累積重金屬有協同作用，并抑制主要營養素的吸收。應用XRF方法可以測定土壤重金屬污染量，幫助人們預測生物利用率，避免有毒元索對植物生長的干擾，從而提高農作中物的產量。