曾有氟康唑用藥過量的報道。有報道，一位42歲艾滋病感染患者服用氟康唑8200毫克后，出現了幻覺和興奮性偏執行為。這位患者被收住院后48小時內病情恢復正常。
對用藥過量的患者，應采取對癥治療（支持療法及必要時洗胃）。
氟康唑大部分由尿排出，強迫利尿可能增加其清除率。3小時的血液透析治療可使氟康唑的血漿濃度降低約50%。
