使用氫火焰離子化檢測器時，應注意以下幾點：
載氣（N2）與燃氣（H2）及助燃氣（Air）的流量比維持在N2:H2:Air=1:1:10時，檢測器的噪聲小、靈敏度高。氫氣易燃，使用時一定將氫氣灌放置室外，并遠離火源。
噴嘴與收集極之間的距離在5~7mm時，檢測器的靈敏度高。
極化電極應選在150~300V之間，極化電壓低了，正、負離子收集不全；極化電壓高了，噪聲大，而且不穩定。
檢測器的溫度應高于100℃，可防止水蒸氣在檢測器冷凝。而且檢測器的溫度應該高于柱溫，防止被測組分在檢測器冷凝。
此種檢測器不適用直接分析在氫火焰中不電離或者電離很少的組分。例如：O2、N2、H2、CO、CO2、SO2、H2O、NH3、SiF4、SiCl4，SiHCl3、HCOOH等，以及所有的稀有氣體。