注射用醋酸卡泊芬凈使用過程中有出現過敏反應的報道。如果出現過敏癥狀，應停止使用本品治療并進行適當的處理。已報告的可能由組胺介導的不良反應，包括皮疹、面部腫脹、血管性水腫、瘙癢、溫暖感或支氣管痙攣，可能需要停止使用注射用醋酸卡泊芬凈治療和/或進行適當的處理。
已在健康的成人受試者和成人患者中評價過本品與環孢霉素合用的情況。一些健康受試者在接受兩次劑量為3 mg/kg 的環孢霉素且同時使用本品治療后，丙氨酸轉氨酶(ALT)和天冬氨酸轉氨酶(AST)出現不到或等于3倍正常上限(ULN)水平的一過性升高。但停藥后又恢復正常。當注射用醋酸卡泊芬凈與環孢霉素同時使用時，注射用醋酸卡泊芬凈的曲線下面積(AUC)會增加大約35%；而血中環孢霉素的水平未改變。在一項40名患者使用本品和環孢霉素1至290天不等（平均17.5天）的回顧性研究中，沒有發現嚴重的肝臟不良事件。在進行同種異基因造血干細胞移植和實體器官移植的患者中，象事先預期的一樣，肝酶異常經常發生；然而，沒有患者ALT的升高被認為與用藥有關。5名患者AST的升高被認為可能與使用本品或環孢霉素有關，但所有的升高低于正常上限的3.6倍。4名患者由于各種原因引起的實驗室肝酶異常停藥，其中2名患者被認為可能與使用本品或環孢霉素有關，也可能有其他原因。在前瞻性的侵襲性曲霉病和同情使用的研究中，6名患者同時使用本品和環孢霉素2至56天不等，沒有發現患者肝酶升高的情況。所有這些結果顯示當可能的益處超過可能的風險時可以將注射用醋酸卡泊芬凈給予接受環孢霉素治療的患者使用。