甲磺酸帕珠沙星氯化鈉注射液主要臨床不良反應為腹瀉、皮疹、惡心、嘔吐，實驗室檢查可見ALT、AST、ALP、r-GTP升高，嗜酸性粒細胞增加。
1、甲磺酸帕珠沙星氯化鈉注射液的臨床不良反應
1) 急性腎功能衰竭:可能會引起急性腎功能衰竭。
2) 肝功能異常、黃疸。
3) 偽膜性腸炎:可發生伴有血便的嚴重的腸炎，如果出現腹痛或頻繁的腹瀉，應立即停藥并采取相應的防治措施處理。
4) 粒細胞減少，血小板減少癥。
5) 橫紋肌溶解:如果出現肌痛、虛弱、磷酸肌酸激酶(CPK)升高、血或尿中的肌球素升高，應立即停藥。橫紋肌溶解也導致急性腎功能衰竭。
6) 痙攣。
7) 休克、過敏反應，若出現呼吸困難、水腫、紅斑等任何異常，應停止給藥，并采取適當處理措施。
8) 表皮脫落壞死(Lyell綜合癥)，眼、粘膜、皮膚綜合癥(Stevens Johnson綜合征)。
9) 間質性肺炎:伴有發熱、咳嗽、呼吸困難、胸部X光片異常的肺炎發生。
10) 低血糖:嚴重低血糖，易發生于老年病人、腎功能衰竭病人，應仔細觀察。
11) 跟腱炎、肌腱斷裂。
給藥期間應密切觀察，如出現上述不良反應，應立即停藥，并采取相應的處理措施。
2、甲磺酸帕珠沙星氯化鈉注射液與同類藥物的不良反應:
PIE綜合癥:伴有發熱、咳嗽、呼吸困難、胸部X線異常、嗜酸性粒細胞增多的PIE綜合癥，見于臨床應用的其他新喹諾酮類藥物報道，如出現上述不良反應立即停藥，并采取相應的處理措施。
3、甲磺酸帕珠沙星氯化鈉注射液的其它不良反應:
如觀察到下列不良反應應采取適當處理措施。
1) 過敏反應:皮疹、發熱(發生率0.1～5%)，蕁麻疹、瘙癢、面部皮膚潮紅(發生率﹤0.1%)。
2) 腎臟損害:BUN升高、蛋白尿、膽紅素尿、管型尿、尿潛血(發生率0.1～5%)，血肌酐升高(發生率﹤0.1%)。
3) 肝臟損害:ALT(GPT)升高(發生率≥5%)，AST(GOT)、ALT、r-GTP、LAP、LDH和膽紅素升高(發生率0.15～5%)。
4) 血液:嗜酸性粒細胞增多癥、白細胞減少癥、血小板減少癥、貧血(發生率0.1～5%)。
5) 消化道反應:腹瀉或軟便、惡心、嘔吐(發生率0.1～5%)，上腹不適、腹脹、黑便(發生率﹤0.1%)。
6) 精神神經系統:頭痛、頭暈(發生率0.1～5%)，短暫性意識障礙、短暫性精神障礙、精神異常(發生率﹤0.1%)。
7) 其他:靜脈炎(發生率≥5%)，CK(CPK)升高、電解質紊亂(發生率0.1～5%)，口干、舌炎(發生率﹤0.1%)。