水中有有機污染源,凈水細菌是靠水中有機污染而存活的，如果因為水中沒有污染源存在，它們就無法長期生存。因此，在新水階段就加入細菌是否有效，是值得研討的。
勿與消毒殺菌藥劑同時使用
為了避免凈水細菌被殺滅，切記勿與消毒殺菌藥劑同時使用，如果必須使用殺菌藥劑或治療魚病的藥劑，需等藥物使用至少一星期以上再進行使用凈水細菌。
要注意調整適合細菌生長的溫度
在凈水細菌的使用過程中，能有效地控制在最適宜的水溫條件下，當然其發揮的效果也是最理想的。例如：光合細菌在23-29℃的范圍內均能正常生長繁殖，當水溫低于23℃時，它們的生長逐漸停滯，因此低于23℃的水族箱使用這類細菌效果較差。
要注意調整適合細菌生長的ph值
在凈水細菌的使用過程中，必須注意水質酸堿度ph的變化。例如：淡水硝化細菌在ph值等于中性時的效果最佳，在酸性水質中效果最差，因此若能將水族箱中的水質調整至中性或弱堿性，它的凈水效果會好一些。而光合細菌在ph值8.2-8.6的水質中最具效果，所以它比較適合用于海水水族箱中的使用。
要注意細菌之間的共容性
若要同時放養不同的凈水細菌應該注意細菌之間的共容性。例如：硝化細菌和光合細菌并不適合同時放養在同一水族箱內，因為它們凈化水質的過程互有抑制作用，可能會降低其凈化效果。
要為細菌提供足夠的可居住空間
如果只讓細菌生活于水族箱中可能無法滿足其繁衍上的需要，這會嚴重限止細菌的數量使其無法增加。因此，我們應該配合生化過濾系統為細菌細菌再創造更多的可居住空間供它們繁衍，以期待它們加速降低有害物質以及加強它們分解能力。
一個新開缸的水族箱，第一周最好不要使用硝化細菌，因為第一周的時間里水體不僅不會產生足夠的氮，胺等物質，而且水體中的殘留氯還會抑制硝化細菌的著床和生長。建議在開缸的第一周每日在水族箱水體中加入適量的光合細菌，來分解有害物質。