1、失水，可使血藥濃度增高，易產生毒性反應。
2、第8對腦神經損害，因本品可導致前庭神經和聽神經損害。
3、重癥肌無力或帕金森病，因本病可引起神經肌肉阻滯作用，導致骨骼肌軟弱。
4、腎功能損害者，因本品具有腎毒性。
5、對診斷的干擾本品可使丙氨酸氨基轉移酶（ALT）、門冬氨酸氨基轉移酶（AST）、血清膽紅素濃度及乳酸脫氫酶濃度的測定值增高；血鈣、鎂、鉀、鈉濃度的測定值可能降低。
6、氨基糖苷類與β內酰胺類(頭孢菌素類與青霉素類)混合時可導致相互失活。本品與上述抗生素聯合應用時必須分瓶滴注。阿米卡星亦不宜與其他藥物同瓶滴注。
7、應給予患者足夠的水份，以減少腎小管損害。
8、配制靜脈用藥時，每500mg加入氯化鈉注射液或5%葡萄糖注射液或其他滅菌稀釋液100～200mL。成人應在30～60分鐘內緩慢滴注，嬰兒患者稀釋的液量相應減少。
孕婦及哺乳期婦女用藥：本品屬孕婦用藥的D類，即對人類有一定危害，但用藥后可能利大于弊。本品可穿過胎盤到達胎兒組織，可能引起胎兒聽力損害。妊娠婦女使用本品前必須充分權衡利弊。哺乳期婦女用藥時宜暫停哺乳。
兒童用藥：氨基糖苷類在兒科中應慎用，尤其早產兒及新生兒的腎臟組織尚未發育完全，使本類藥物的半衰期延長，藥物易在體內蓄積產生毒性反應。
老年患者用藥：老年患者的腎功能有一定程度的生理性減退，即使腎功能的測定值在正常范圍內，仍應采用較小治療量。老年患者應用本品后較易產生各種毒性反應，應盡可能在療程中監測血藥濃度。