慢性過量可引發嚴重的骨髓損害，例如大量出血，危及生命和感染以及神經毒性。
阿糖胞苷的骨髓毒性有其劑量限度。高劑量治療，每一治療周期總劑量累積約達標18-36g，嚴重的的骨髓毒性甚至骨癆可能產生。但這只能在超劑量變1-2周后在臨床上顯示出來。這與劑量，病人年齡，臨床條件以及聯用的細胞毒藥物有關。懷疑過量的病人要在一段較長的時間內進行短間隔常規血細胞計數。
阿糖胞苷能被血液透析去掉，但在過量病人中使用這一方法尚無報道。
治療過量：
因無有效的解毒藥可以使用，本品每次使用都應極端小心。對過量病人的治療，多采取支持療法，如輸血和抗菌素治療。
對疏忽過量的病人，如注射本品至脊髓液嚴重過量，應及時用生理鹽水進行脊髓液交換。