臨床試驗中依非韋倫有良好的耐受性。依非韋倫已在超過9000名患者中得到驗證。在與蛋白酶抑制劑和/或核苷類逆轉錄酶抑制劑聯合用藥的臨床對照試驗中，1008名患者每天服用600mg本品，在至少5%的患者中最常報道的與治療有關的，至少為中重度不良事件的是皮疹（11.6%）、頭暈眼花（8.5%），惡心（8.0%），頭痛（5.7%）和乏力（5.5%）。對照組中惡心的發生率更高。與本品有關的最值得注意的不良事件為皮疹和神經系統癥狀（見注意事項）。
臨床試驗中其他一些較少發生的與治療相關的不良事件包括：過敏反應、協調異常、共濟失調、混亂、昏迷、眩暈、嘔吐、腹瀉、肝炎、注意力不集中、失眠、焦慮、多夢、困倦、抑郁、思維異常、興奮、健忘、精神錯亂、情緒不穩定、欣快、幻覺和精神癥狀。
另外一些上市后監測報道的不良事件包括：神經衰弱、妄想癥、驚厥、搔癢癥、腹痛、視力模糊、男子乳房發育和肝功能衰竭。
除了皮疹的發生率較高及程度較為嚴重外，兒童中其余不良反應的類型和發生率基本上與成人相似。
皮疹：臨床試驗中，接受600mg本品治療的患者有26%發生皮疹（其中18%被認為與治療有關），而對照組中患者皮疹的發生率為17%。接受本品治療的患者發生嚴重的皮疹不超過1%，同時1.7%的患者因皮疹而中斷治療。多形性紅斑或Stevens-Johnson綜合怔的發生率為0.14%。
接受依非韋倫治療的57名兒童中有26名兒童（46%）出現皮疹，其中3名兒童（5%）出現嚴重的皮疹。可考慮兒童開始依非韋倫治療前可適當預防性應用抗組胺藥。
皮疹通常是輕至中度的斑丘疹性皮疹，發生于開始本品治療的頭兩周。大多數患者的皮疹隨著本品的繼續治療會在一個月內消退。對于因皮疹而中斷治療的患者可重新開始服用本品。重新服用本品時，建議使用適當的抗組胺藥和/或皮質激素類藥物（見注意事項）。
本品用于中斷了NNRTI類其他抗逆轉錄病毒藥治療患者的臨床經驗很有限。19名因皮疹而中斷奈韋拉平治療的患者已接受本品治療。這些患者中9人在服用本品時發生輕至中度皮疹，2人因皮疹而停藥。
精神癥狀：接受依非韋倫治療的患者中有嚴重的精神不良事件的報道。在一項對照研究中，1008名患者接受了平均1.6年包含依非韋倫方案的治療，而對照組635人接受了平均1.3年的對照劑治療。依非韋倫組和對照組明確的嚴重精神事件的發生率分別為：嚴重抑郁（1.6%，0.6%），自殺傾向（0.6%，0.3%）、非致命的自殺企圖（0.4%，0%）、攻擊性行為（0.4%，0.3%）、偏執狀態（0.4%，0.3%）和躁（0.1%，0%）。既往有精神疾患的患者似乎有更高的危險性產生上述精神癥狀，躁狂的發生率升高到0.3%，嚴重抑郁和自殺傾向的發生率升高到2.0%。個別上市后報道有自殺身亡、錯覺和神經質行為，但是尚不能肯定這些報道與依非韋倫相關。
神經系統癥狀：臨床試驗中，每天服用800mg本品的患者，常報道的神經系統癥狀包括但不僅限于：眩暈、失眠、困倦、注意力降低、及多夢。在600mg本品與其他抗逆轉錄病毒藥合用的對照臨床試驗中 19.4%的患者出現中度至重度神經系統癥狀（其中2.0%為重度癥狀），相比之下，服用對照藥物的患者有9%出現神經系統癥狀（其中1.3%為重度癥狀）。臨床試驗中，2.1%用600mg本品治療的患者由于神經系統癥狀而中止治療。
神經系統癥狀通常開始于治療的頭一或兩天并且在頭2-4周后基本消除。在一項臨床研究中，發生至少中度以上神經系統癥狀的時間一般在4至48周，發生在5%-9%的接受依非韋倫治療的患者及3%-5%的對照組中。在一項未受感染志愿者的研究中，代表性神經系統癥狀發作的中位時間為服藥后1小時而中位持續期為3小時。臨睡時服藥可改善這些癥狀的耐受性，并且建議在治療的第一周以及持續出現這些癥狀的患者臨睡時服藥（見用法用量）。降低劑量或分次服用每天劑量并未能帶來益處，因此不建議這樣用藥。
實驗室檢測發現
實驗室化驗指標異常
肝酶：1008名接受600mg依非韋倫治療的患者中有3%AST和ALT升高到正常上限的5倍以上。對照組中也有類似的肝酶升高。接受600mg依非韋倫治療的患者中有156名乙型肝炎和/或丙型肝炎的血清標志陽性，7%患者的AST以及8%者的ALT升高到正常上限的5倍以上。對照組的患者中有91名乙型肝炎和/或丙型肝炎的血清標志陽性，5%患者的AST以及4%患者的ALT升高到上述水平。所有接受600mg依非韋倫治療的患者中有4%GGT升高到正常上限的5倍以上，其中乙肝和丙肝患者的發生率是10%。對照組中，無論有無感染乙肝或丙肝，GGT類似升高的發生率是1.5 2%。依非韋倫治療的患者中單獨的GGT升高反映的是酶的誘導而非肝毒性（見注意事項）。
血脂：某些服用依非韋倫的未感染HIV者總膽固醇可升高10 20%。依非韋倫+ZDV+3TC方案治療的患者非空腹總膽固醇和HDL分別可升高大約20%和25%，依非韋倫+DV方案治療的患者大約可升高40%和35%。依非韋倫對甘油三脂和LDL的作用無詳細報道。目前尚不明確這些血脂改變的臨床意義（見注意事項）。