體內有些酶可在其他酶的作用下，將酶的結構進行共價修飾，而使其在高活性形式和相對較低的活性形式之間互相轉變，這種調節稱為共價修飾調節(covalent modification regulation)，這類酶稱為修飾酶(prosessing enzyme)。
例如某些酶的巰基發生可逆的氧化還原，一些酶以共價鍵與磷酸、腺苷等基團的可逆結合，都會引起酶結構的變化而呈現不同的活性。酶的共價修飾是體內代謝調節的另一重要的方式。
