AOM的常見致病菌為肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌和黏膜炎莫拉菌：其中從25%～50%的AOM患兒中耳積液中發現肺炎鏈球菌，15%～30%為流感嗜血桿菌，而黏膜炎莫拉菌為3%～20%。也有少數病例由病毒單獨感染引起，約為5%～15%。還有1%～15%的病例報道未發現病原體，這可能是早期文獻報道中病毒感染的病例。
