1、神經檢查注意有無視力障礙、視神經盤水腫、眼肌癱瘓、聽力減退、吞咽困難、肢體癱瘓、病理反射、肌張力改變、共濟失調、不自主動作（震顫、舞蹈樣動作、手足徐動）、感覺障礙、大小便潴留、失禁及腦膜刺激征等。
2、輔助檢查
（1）一般檢查：血、尿常規，血沉，腦脊液壓力、常規、生化、細胞學、免疫
球蛋白（IgG、IgA、IgM）測定以及血混合玫瑰花環率測定。
（2）電生理檢查：腦電圖、腦誘發（視覺、聽覺、體感）電位。
（3）影像學檢查：腦CT或MRI檢查。
（4）病毒感染的免疫學檢查：用ELISA或PCR方法檢測血及腦脊液中單皰病毒。取雙份血清作流行性乙型腦炎、腺病毒、麻疹病毒、脊髓灰質炎、流行性感冒病毒等的補體結合試驗、血凝抑制試驗以及腺病毒免疫熒光檢查、脊髓灰質炎中和試驗、流行性感冒病毒感染簡易快速診斷。
（5）作腦活體組織檢查（免疫熒光檢查、分離病毒、病理組織學檢查）。
可皮下注射森林腦炎鼠腦疫苗，應在流行季節前1-11/2月開始接種，可降低發病率或減輕癥狀。