妊娠早期胎兒感染后可導致流產或畸形（北京地區弓形體感染的孕婦其胎兒畸形發生率為2%～4.3%）。后期感染可致早產或死產，或使發娩的嬰兒具有此病的臨床表現。如將近分娩時發生弓形蟲感染，嬰兒生產時可以健康，但數周后出現臨床癥狀。如在胎兒期能得到母體一定數量抗體，則出生后對本病有一定的免疫能力，但仍不足以制止發病，病程多呈遷延性。主要癥狀如下：
1.全身表現全身感染多見于新生兒，往往系弓形蟲迅速在各臟器繁殖，直接破壞被寄生的細胞，常見有發熱、貧血、嘔吐、紫紺、水腫、斑丘疹、體腔積液、肝脾腫大、黃疸、心肌炎、淋巴結腫大。往往可迅速死亡。所謂新生兒弓形蟲綜合征的主要表現為貧血、黃疸、肝脾腫大。
2.中樞神經系表現腦積水、腦鈣化和各種腦畸形為主要癥狀。表現為腦膜腦炎、腦炎或腦膜炎。常見抽搐、肢體強直、顱神經癱瘓、運動和意識障礙。腦脊液呈黃色，淋巴細胞和蛋白可增加。晚期在病灶中心發生腦鈣經。個別病例腦部壞死組織的碎屑脫落，進入側腦室，隨腦脊液循環，使大腦導水管阻塞，或大腦導水管壁上發生病變，均可產生阻塞性腦積水。如病變局限可引起癲癇。可在發病幾天或幾周中死亡。如能好轉，常遺留有抽搐、智力不足、脈絡膜視網膜炎等后遺癥。
3.眼部病變發生眼球病變者較為多見，首先發生在視網膜，偶爾整個眼球被侵犯，以致眼球變小，畸形及失明。一般發生在兩側眼球。
隱匿型先天性弓形蟲病亦較常見，約占80%，出生時可無癥狀，但在神經系統或脈絡膜視網膜有弓形蟲包囊寄生，而至數月、數年或至成人才出現神經系統或脈絡膜視網膜炎癥狀。