光鏡下可以直接看到細胞壁，細胞核，液泡，葉綠體。線粒體，內質網，細胞骨架需要染色在光鏡下才可以看到！電鏡：所有細胞器都能看到。在光鏡下，如果不經染色處理只能看到植物細胞的細胞壁，或綠色植物細胞的葉綠體以及某些植物細胞的中央大液泡(如：洋蔥外表皮細胞）。染色后，可以看到細胞核（甲基綠）,線粒體（健那綠），用龍膽紫或醋酸洋紅染色則可以看到核仁，染色質（染色體僅在分生區可見）。在電鏡下，所有細胞結構可見。
