克隆氏病起病緩慢，病程較長，少數為急性起病。其臨床表現、病情輕重多和病變部位、程度及病期有關。
（1）腹痛：是最常見的癥狀，呈間歇性發作，伴有腸鳴音增強，病變進一步發展，可出現不完全性腸梗阻，此時常有腹脹，甚至出現腸型。
（2）腹瀉：大部分人有腹瀉，大便次數與病變范圍有關，多為軟便或稀便，一般無肉眼可見的粘液、膿血。廣泛彌漫性小腸病變可有水樣便或脂肪瀉，與進食纖維豐富的食物有關。病變涉及結腸遠端時，常有里急后重，其表現潰瘍性結腸炎相似。
（3）全身癥狀：體重減輕、貧血、低蛋白血癥、水與電解質平衡失調及營養缺乏等。1/3病人有低熱或中等發熱，查體見腹部可有腫塊、局部壓痛等體征。
（4）肛門及直腸周圍病變：膿腫、竇道、瘺管形成是克隆氏病常見的表現。