免疫器官是以淋巴組織為主的器官。按其功能不同分為中樞性免疫器官和外周免疫器官。中樞免疫器官是免疫細胞發生、分化和成熟的場所。在人和哺乳類動物主要是胸腺和骨髓,鳥類還包括法氏囊。外周免疫器官是成熟T細胞和B細胞定居的場所,也是這些細胞在抗原刺激下發生免疫應答的部位。外周免疫器官包括淋巴結、脾臟、黏膜相關淋巴組織等。