1、安全性的差異。固相萃取過程中會用到各種各樣的化學試劑、容積等，其中難免會有一定的危險性，所以全自動固相萃取儀在安全性方面還是更好一些。
2、數據誤差的差異性。人無完人，人工操作時不可避免的會出現一些小失誤、小疏忽，這些都會大大影響最終的實驗數據。而機器雖然冰冷，但是它會按照設定好的程序來運行，不會出現小失誤的情況。
3、實驗效率的差異性。毫無疑問，全自動設備的效率肯定遠遠高過人工。此外，一定程度下，設備可以24小時運行，樣品處理能力大大提升。
4、成本的差異性。全自動固相萃取儀的成本主要是設備本身的成本，人工的主要成本也就是人工。另外試劑的消耗方面，人工會略高于設備，可以忽略不計。