全自動生化分析儀中的交叉污染分為樣品交叉污染和試劑交叉污染兩類。
樣品交叉污染主要來自樣品針的攜帶污染，在大多數全自動生化分析儀的設計中對此均通過樣品針的內外沖洗技術來解決。
而試劑交叉污染則是近年來引起檢驗人員關注的話題，因為試劑交叉污染的避免必須依賴于檢驗人員的正確操作。
一、儀器自身交叉污染的消除
交叉污染在全自動生化分析儀上出現的環節較多，但主要集中在樣品加樣針、試劑加樣針、攪拌棒、比色杯等部件。
由于為了保證加樣精度，一般生化分析儀的加樣針，都會在加樣的時候略過量吸取樣品或試劑，然后進行加樣。以至于加樣后加樣針的內壁會殘留一些樣品或試劑。儀器會自動排空、加壓內外沖洗。許多產品還提供樣品加樣針的專用清洗程序。
攪拌棒也會出現交叉污染，當攪拌棒加入比色杯時，很容易把上一次攪拌的殘留物帶入比色杯，這樣會造成比色結果不準確。可以在每次攪拌后注意觀察攪拌棒是否完全清洗干凈，清洗的水是否充分清洗攪拌棒的最上沿。如果沒有可以調整攪拌棒的清洗高度。在每次試驗檢驗地帶網完成以后用酒精或次氯酸清洗攪拌棒，達到理想狀況。涂有特富龍的攪拌棒有助于改善清洗效果。
為了防止比色杯出現交叉污染，可以在每批測試結束后清洗比色杯。在每天全自動生化儀關閉之前，也應該在杯子中儲滿水，等第二天開機時再清洗比色杯。可以調整比色杯清洗水量使其到達比色杯的三分之二的高度，也可以把比色杯拿出用95%的酒精清洗或進行超聲清洗。
二、一次試劑交叉污染的實例
由于任何自動清洗系統都有不同程度的殘留，因此以下情形都有可能出現試劑交叉污染：
－ 試劑中含有下一測試所要測定的底物；
－ 試劑中某種成分與下一反應所要測定的底物有作用；
－ 當前反應物對后一反應有影響。
往往這些情形出現時，檢驗人員并沒有去從試劑交叉污染的角度考慮。
我科出現過一次膽固醇對總膽汁酸的交叉污染問題。當時做總膽汁酸時，由于總膽汁酸受外界影響挺大，我們把總膽汁酸放在最前做。當時膽固醇與總膽汁酸相隔很多項目，在測試結果中開始總膽汁酸的值挺正常，到后來測試結果成倍的高。在清洗比色杯和加樣針后，單獨重復做總膽汁酸結果都很高。其后，單獨做總膽汁酸，發現總膽汁酸數值呈正態分布，值從低到高再從高到低。考慮可能存在交叉污染現象。又采取了清洗試劑檢驗地帶網加樣針后跟隨做樣本，隨著試劑加樣針清洗的次數由少到多，樣本的測定值也隨之下降到連續得到穩定值。在這中間又對試劑加樣針的內壁清洗壓力進行了相應的提高。在這次事件后通過查資料發現試劑加樣針R1在加膽固醇、甘油三酯試劑R1中含有膽酸鈉，造成TBA測定結果明顯增高。膽固醇、載脂蛋白A、HBDH后針內含有高濃度的磷酸鹽緩沖液，使磷測定結果不同程度偏高。肌酸激酶、CK-MB試劑R1含有鎂，對鎂測定有影響。為了消除試劑間的交叉污染，我科在排序上把項目設置成：
1.CHO 2.ALT 3.AST 4.ALP 5.GGT 6.TP 7.ALB 8.BUN
9.UA 10.CR 11.CK 12.CK-MB 13.LDH 14.GLU 15.P 16.TG 17.HDL
18.LDL 19.APOA 20.APOB 21.TBA 22.TBIL 23.DBIL 24.MG。三、檢測試劑交叉污染的方法
假設有3個項目A、B、C，以一混合血清作為標本，按以下順序測試：
A,A,A,A,A,B,A,C,A,B,B,B,B,B,C,B,C,C,C,C,C。
得到結果分別為：
A1,A2,A3,A4,A5,B,A,C,A,B1,B2,B3,B4,B5,C,B,C1,C2,C3,C4,C5 (A:表示B項目對A項目污染時的測定值，其余表示類同)。以A2～A5、B2～B5、C2~C5的4次測定平均值分別作為A、B、C項目無污染的定值。若（A/A×100%小于95%或大于105%則說明B對A有污染。
四、防止試劑交叉污染的軟件設計
在現代全自動生化分析儀中可利用機內軟件有效防止試劑交叉污染。
－ 利用項目重新排序功能，避開有可能發生試劑交叉污染的項目。本方式在一般全自動生化分析儀中均提供。
－ 對于可能發生試劑檢驗地帶網交叉污染項目加以定義，并以清洗程序相間。所用清洗劑可預設。本方式并非在所有全自動生化分析儀中提供，請仔細閱讀儀器使用說明書。
五、消除交叉污染的一般方法
－ 要求檢驗人員詳細掌握儀器和試劑盒的使用方法。
－ 在最容易出現交叉污染的環節反復分析，一個一個去排除。
－ 合理使用儀器，定時保養維護。
－ 對檢驗項目進行科學、合理的排序。
－ 對排序解決不了的間隔加入數次清洗劑測試。
－ 減少使用污染比較嚴重的試劑盒。
－ 在容易出現交叉污染的環節，如樣品加樣針可以用次氯酸定期清洗。試劑加樣針、攪拌棒、比色杯經常用酒精或次氯酸清洗。