共焦顯微鏡[Confocal Laser Scanning Microscope(CLSM或LSCM)]在反射光的光路上加上了一塊半反半透鏡(Beam Splitter)，將已經通過透鏡的反射光折向其它方向，在其焦點上有一個帶有針孔（Pinhole）的擋板，小孔就位于焦點處，擋板后面是一個 光電倍增管（photomultiplier tube，PMT）。可以想像，探測光焦點前后的反射光通過這一套共焦系統，必不能聚焦到小孔上，會被擋板擋住。于是光度計測量的就是焦點處的反射光強度。
