主要用于治療耐多種抗生素的金葡菌重癥感染及對青霉素過敏的鏈球菌性心內膜炎的患者。另外，口服對難辨梭形芽胞桿菌性腸炎有較好療效。以上感染均是臨床上較難治療的疾病，而萬古霉素有較好的療效，故本藥在治療這類感染性疾病中有重要的地位。萬古霉素還可作為以下情況的預防用藥：人工合成材料體內植入手術預防金葡菌感染；對青霉素過敏的病人進行口腔或上呼吸道手術；青霉素過敏的病人進行胃腸道、泌尿道手術或白血球減少伴發燒的免疫低下的病人。
