不動桿菌的耐藥率呈上升趨勢，有的上升較快（如環丙沙星），耐藥率一直保持在較高水平的有氨芐西林、頭孢唑啉及氯霉素等。耐藥率尚較低的有亞胺培南-西司他丁、頭孢他啶、頭孢哌酮-舒巴坦、氨芐西林-舒巴坦，哌拉西林-他唑巴坦及阿米卡星等。
在經驗用藥階段，往往首選頭孢哌酮-舒巴坦、亞胺培南-西司他丁，還可選用氨芐西林-舒巴坦、替卡西林-克拉維酸、阿米卡星、新一代氟喹諾酮類。對病情較重者，主張β-內酰胺類與氨基糖苷類（或氟喹諾酮類，或利福平）聯合應用。然后，則根據藥敏結果調整選用方案。
